El Lago Ypacaraí requiere de la intervención del Estado y de las autoridades locales con obras públicas de sistemas de saneamiento, control de efluentes de sectores de la economía, como las industrias, la producción agrícola y la ganadera, así como de las iniciativas turísticas.
La inadecuada disposición de los residuos sólidos por parte de la ciudadanía contamina los cauces de arroyos que finalmente desembocan en el lago.